Nació el 2 de febrero de 1946 en Temuco. Casado, dos hijos, su infancia transcurrió en el sur del país, en los fundos Loncovaca y Chiuao. Realizó sus estudios en una escuela rural y en la escuela número 4 de Temuco. Cuando se trasladó a Santiago en búsqueda de fuentes laborales, inicialmente trabajó en algunas fábricas de plástico como Calciplast y Shift y posteriormente se convirtió en instructor de seguridad industrial en el Mineral El Salvador.
Militante del Partido Socialista, fue secretario del Regional Atacama Norte, sin embargo, luego del golpe de estado, las circunstancias lo llevaron a seguir trabajando en clandestinidad con la dirección clandestina del PS, liderada por Exequiel Ponce.
El 27 de julio de 1974 fue detenido por agentes de la DINA en el domicilio de un amigo ubicado en la comuna de Ñuñoa. Además de su paso por Londres 38, testigos sobrevivientes declaran haber sido trasladados junto a Huaiquiñir hasta Cuatro Álamos.
De acuerdo a la versión de un medio de prensa vinculado a la dictadura, Huaiquiñir habría confesado tener en su poder un arsenal de armas, explosivos y detonadores cercanos al Mineral El Salvador, destinado a volar cuarteles y comisarías, lo que habría motivado su detención.
Cabe destacar que muchos hechos expuestos en publicaciones vinculadas a la dictadura no han sido demostrados o han sido comprobadas como falsas.
Un periódico de la capital se refirió públicamente a su detención, relacionándola a la existencia supuesta de armas en el norte. El Ministro del Interior de ese momento reconoció la aprehensión y agregó en oficio dirigido al Tribunal que conocía del amparo en su favor, que se encontraba «detenido en cumplimiento a lo que ordena el Decreto Exento N° 285». Unos días después sostuvo que mediante otro Decreto Exento, el N° 414, «se encuentra en libertad». Sin embargo, luego de la permanencia de Joel Huaiquiñir en Cuatro Alamos se perdió todo rastro de él.
La Comisión está convencida de que su desaparición fue obra de agentes del Estado, quienes violaron así sus derechos humanos.
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